(1)病变原发于睾丸的高促性腺激素性腺功能低下症，这时下丘脑和垂体正常，能发出强有力的指令，但睾丸有病，无法执行生产性激素和精子的命令。
(2)低促性腺激素性腺功能低下症，这是因为下丘脑和垂体有病变，不能向下发出分泌睾酮指令。
(3)部分性抗雄激素综合征，即阴茎对雄激素不敏感，患者体内睾酮水平正常，但第二性征异常，甚至可能有尿道下裂。
(4)特发性小阴茎，原因至今不明。
顺便提一下，阴茎长度的测量方法很重要，一是测疲软状态，二是测勃起状态时的变化。测量时室温宜25°C左右，待心情平静并适当休息之后，用手把阴茎抬平，用硬尺的一端稍用力顶住耻骨联合部，尽量压缩皮下脂肪层，另一端以阴茎龟头尿道外口为基准，所读出的数字即为阴茎常态下的长度。再用皮尺在离冠状缘1厘米的阴茎干部测其周径。由于病人紧张或不适应诊室的环境，他们在医生面前多不能勃起，故常用阴茎的牵伸长度取代勃起长度。
参考数值是：阴茎牵伸长度新生儿小于2.5厘米，成人小于5.5厘米。